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摘要： 01 一个例子 某一个物种中有GO term注释的所有基因为N，其中一个你感兴趣的GO term中的基因有M个，你的目的基因有n个，你的目的基因在你在感兴趣的GO term中的个数有k个： 02 超几何检验的R代码实现 phyper(k - 1, M, N-M, n, lower.tail = FA 阅读全文

摘要： 01 PCA简介 PCA是一种无监督的降维算法，把高维、相关的变量旋转压缩成少数几个互不相关的综合指标（主成分），且尽可能保留原始方差。每个主成分是新的空间坐标系的样本的点的坐标。 几何直觉: 把样本点看成高维空间的一团云； 先找“云”伸展最长的方向 → 第 1 主成分（PC1）； 再在与 PC1 阅读全文

摘要： 01 代码计算两个向量的协方差 样本协方差： \[\operatorname{cov}(x,y)=\frac{\sum_{i=1}^{n}(x_i-\bar{x})(y_i-\bar{y})}{n-1} \]手动计算： # 任意两个等长向量 x <- c(2,4,6,8) y <- c(1,3,5, 阅读全文

摘要： The two models are equivalent! RR-BLUP and G-BLUP will give us the same results, but they are implemented in a slightly different way. 01 核心公式 \[\math 阅读全文

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