2025年12月15日
转录组分析（五）：文献复现
摘要： 一、准备数据 （1）测序数据 fastq：测序公司数据或从数据库下载 （2）数据信息表 sample.txt：每一个样本名称、所属分组、存储路径 （2）参考基因组 fasta 1. 下载测序数据 SRA数据库：用于存储高通量测序数据（二代/三代）的数据库 # 1.安装下载工具。从https://ft 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:40 asaca_r 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)
转录组分析（四）：文献分析思路
摘要： 文献名称：Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anth 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(4) 评论(0) 推荐(0)
转录组分析（三）：常用数据库、工具
摘要： （1）原始数据：SRA （2）表达数据库：GEO 芯片 测序 GEO RNA-Seq数据挖掘工具：GREIN （3）肿瘤数据库：TCGA 表达 变异 甲基化 （4）人各组织表达数据库：GTEx 基于TCGA和GTEx的数据挖掘工具：GEPIA2 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)
转录组分析（二）：差异表达分析、功能分析、表达验证
摘要： 一、差异表达分析：找关键样本和关键基因 1. 差异表达：哪些基因在两组样本中有明显表达差异？【获得基因集合】 （1）差异表达基因筛选 FC：fold change，>1上调，<1下调log2FC：>0上调，<0下调 差异表达基因组内差异小，组间差异大 筛选条件： Padj＜0.05 |log2FC| 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(10) 评论(0) 推荐(0)
转录组分析（一）：比对、表达定量、标准化
摘要： 一、准备 1. 三张表：样本特征信息、表达矩阵、基因注释信息 2. 表达矩阵 获得方法： 表达芯片：敏感度低、范围小、只检测已知转录本、低成本 RNA-seq： 二、测序数据标准分析：获得表达矩阵 1.spliced alignment比对 （1）比对到基因组 将转录本（RNA）比对到参考基因组（D 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:38 asaca_r 阅读(5) 评论(0) 推荐(0)
2025年12月12日
（六）日志文件报错信息保存、后台运行、查看进程、别名
摘要： 一、日志文件 日志文件是运行程序时屏幕打印出来的东西。 # 一、分离输出。1可以省略 sh run.sh 1>run.log 2>run.err //1是标准输出，2是错误输出 命令 > output.txt 2> error.txt # 二、合并输出 sh run.sh 1>run.log 2>& 阅读全文
posted @ 2025-12-12 14:32 asaca_r 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)
2025年12月10日
GROMACS 2025.4安装（非root用户）
摘要： 一、准备条件 centos7只能安装24年miniconda，再升级 1. 安装最新版本的C和C++编译器。 conda activate conda install -c conda-forge cxx-compiler c-compiler 2. CMake 3.28或更高版本。 conda i 阅读全文
posted @ 2025-12-10 20:50 asaca_r 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)
2025年11月18日
（五）软件安装：增加可执行权限、环境变量配置、conda
摘要： 一、手动安装 1. 软件安装一般流程 # 新建文件夹存放软件 mkdir software # 1.下载软件 wget # 2.解压 # 3.[可选]编译 # 4.[可选]增加可执行权限 # 5.添加到 PATH 环境变量 2. 文件权限 [root@www /]# ls -l total 64 d 阅读全文
posted @ 2025-11-18 16:55 asaca_r 阅读(5) 评论(0) 推荐(0)
（四）文件编辑（vim）
摘要： 文件编辑 # 安装完整版vi编辑器 apt install vim-full vi编辑器 （1）一般模式 光标移动 搜索与替换 删除：dd、复制、粘贴 撤销：u # vi命令 vi （2）编辑模式 进入编辑模式的指令：i、I、o、O、a、A、r、R 退出：esc （3）命令行模式 进入命令行模式的指 阅读全文
posted @ 2025-11-18 16:54 asaca_r 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)
（二）文件夹操作：目录查看（ls、pwd）、新建（mkdir）、移动（mv）、删除（rm）
摘要： 1. 查看：ls 命令、pwd命令 # 以长格式显示详细信息，包括文件权限、所有者、文件大小和最后修改时间。 ls -l total 4 drwxrwxr-x 2 wdb wdb 4096 Oct 10 18:21 bio ls -l -h #或-lh total 4.0K drwxrwxr-x 2 阅读全文
posted @ 2025-11-18 16:54 asaca_r 阅读(5) 评论(0) 推荐(0)
下一页