emanlee - 博客园

2015年6月14日

摘要： Use a regular expression for filtering sequences by id from a FASTA file, e.g. just certain chromosomes from a genome. There are other toolsas part of... 阅读全文

posted @ 2015-06-14 12:06 emanlee 阅读(519) 评论(0) 推荐(0)

install tabix/bgzip

摘要： bgzip – Block compression/decompression utilitytabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position filesSAMtoolsandBCFtoolsare distributed as in... 阅读全文

posted @ 2015-06-14 10:27 emanlee 阅读(14042) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月12日

mkfs.ext4 磁盘分区

摘要：在linux上格式化一个磁盘分区时，出现如下错误root@d:~#mkfs.ext4/dev/sdb1mke2fs1.41.12(11-May-2015)mkfs.ext4:inode_size(128)*inodes_count(0)toobigforafilesystemwith0blocks,... 阅读全文

posted @ 2015-06-12 15:14 emanlee 阅读(2776) 评论(0) 推荐(0)

ls存在的文件，不能操作

摘要： bash-4.2# pwd/oracle/product/10.2.0/db_1/network/adminbash-4.2# lssqlnet.ora libnrad10.exp listener.ora samples tnsnames.oralibnk510.imp libnrad10.imp... 阅读全文

posted @ 2015-06-12 10:33 emanlee 阅读(650) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月11日

TNS-12541: TNS:no listener , TNS-12542: TNS:address already in use ORA-12541:TNS:无监听程序

摘要： Unix/Linux 上查看数据库监听状态不对$ lsnrctl status LSNRCTL for IBM/AIX RISC System/6000: Version 10.2.0.5.0 - Production on 05-NOV-2012 08:54:08 Copyright (c) 1 阅读全文

posted @ 2015-06-11 21:09 emanlee 阅读(1611) 评论(0) 推荐(0)

HP P420i Smart Array

摘要： http://blog.mpecsinc.ca/2013/02/hp-p420i-smart-array-adding-4-new-disks.htmlhttps://techzone.ergon.ch/HP-DL360-G8-RAIDhttp://www.virtualtothecore.com/... 阅读全文

posted @ 2015-06-11 16:03 emanlee 阅读(2178) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月10日

MySQL 数据（数据库）迁移

摘要：查找MySQL真正的Data目录show variables like 'datadir';+---------------+-----------------+| Variable_name | Value |+---------------+-----------------... 阅读全文

posted @ 2015-06-10 20:41 emanlee 阅读(327) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月9日

awk 连接字符串

摘要： awk中数据类型，是不需要定义，自适应的。有时候需要强制转换。我们可以通过下面操作完成。一、awk字符串转数字awk 'BEGIN{a="100";b="10test10";print (a+b+0);}'110只需要将变量通过”+”连接运算。自动强制将字符串转为整型。非数字变成0，发现第一个非数... 阅读全文

posted @ 2015-06-09 15:44 emanlee 阅读(6093) 评论(0) 推荐(0)

2015年6月8日

VCF （Variant Call Format）格式详解

摘要： VCF文件示例（VCFv4.2）##fileformat=VCFv4.2##fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fast... 阅读全文

posted @ 2015-06-08 21:55 emanlee 阅读(27792) 评论(0) 推荐(7)

Extracting info from VCF files

摘要： R, BioconductorfilterVcf: Extract Variants of Interest from a Large VCF File (Paul Shannon)We demonstrate three methods: filtering by genomic region, ... 阅读全文

posted @ 2015-06-08 21:28 emanlee 阅读(985) 评论(0) 推荐(0)